Habilitación de IPS en Colombia: REPS, visitas y renovación
Lo que exige la Resolución 3100 de 2019 para inscribirte en el REPS, pasar la visita y renovar, quién lo verifica y qué pasa si prestas un servicio sin habilitar.
Qué es la habilitación y qué norma rige hoy
Ninguna IPS, profesional independiente o transporte especial de pacientes puede ofrecer un servicio de salud sin habilitarlo. El Sistema Único de Habilitación está en el Libro 2, Parte 5, Título 1 del Decreto 780 de 2016: las normas con que se registra, verifica y controla que el prestador cumple las condiciones para entrar y permanecer en el sistema (art. 2.5.1.3.1.1).
El detalle lo fija la Resolución 3100 de 2019 del Ministerio de Salud y su Manual de Inscripción de Prestadores y Habilitación de Servicios de Salud, modificada por ocho resoluciones: 2215 de 2020, 1317 de 2021, 1138, 1410 y 1719 de 2022, 544 y 648 de 2023, y 465 de 2025.
| Condición | A quién se exige | Qué es y cómo se verifica |
|---|---|---|
| Capacidad técnico-administrativa | IPS, entidades con objeto social diferente y transporte especial de pacientes.Res. 3100, art. 3.1 | Existencia y representación legal, y un sistema contable que genere estados financieros. Se revisa con los soportes.Decreto 780, arts. 2.5.1.3.2.3 y 2.5.1.3.2.13 |
| Suficiencia patrimonial y financiera | IPS y transporte especial de pacientes.Res. 3100, art. 3.2 | Estabilidad financiera de mediano plazo, liquidez y cumplimiento de las obligaciones de corto plazo. Se revisa con los soportes.Decreto 780, art. 2.5.1.3.2.2 |
| Capacidad tecnológica y científica | IPS, profesionales independientes, entidades con objeto social diferente y transporte especial de pacientes.Res. 3100, art. 3.3 | Los estándares del Manual. Se verifica en visita. Es la única que se le exige al profesional independiente.Decreto 780, arts. 2.5.1.3.2.1 y 2.5.1.3.2.13 |
La Resolución 1732 de 2026 no rige. Se expidió el 5 de agosto de 2026 para reemplazar la 3100, pero no se publicó en el Diario Oficial y la Resolución 2080 del 8 de septiembre de 2026 la revocó en su integridad. La 3100 sigue aplicándose sin interrupción.
La ruta, de la autoevaluación a la renovación
Seis pasos ante la secretaría de salud departamental o distrital de la sede. Los artículos son de la Resolución 3100 de 2019.
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Autoevaluación
Revisas cada servicio contra el Manual y declaras el resultado en el REPS. Si incumples algo, no puedes ofertar ni prestar ese servicio (art. 5).
Lexy: revisa la autoevaluación antes de declararla.
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Inscripción
En el aplicativo del REPS defines sedes, servicios, complejidad, modalidad y capacidad, y radicas el formulario con los soportes del Manual (art. 7).
Lexy: arma y radica los soportes.
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Visita previa
Obligatoria para inscribir una IPS nueva y para habilitar servicios oncológicos, de urgencias, atención del parto, transporte asistencial y de alta complejidad (art. 14).
Lexy: prepara la visita y revisa el acta.
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Habilitación
La secretaría asigna el código, registra la inscripción, expide la constancia y autoriza el distintivo. Desde ahí puedes ofertar y prestar (art. 8).
Lexy: verifica lo registrado.
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Novedades
Cambio de representante legal o de domicilio, apertura o cierre de sedes, servicios o camas: todo se reporta en el REPS (art. 12). Un cierre temporal dura máximo un año (art. 13).
Lexy: reporta las novedades societarias.
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Renovación
La inscripción inicial dura 4 años. En el cuarto año, antes del vencimiento, te autoevalúas para renovarla por un año, y así cada año. Sin autoevaluación, se inactiva (arts. 10 y 11).
Lexy: te avisa cada vencimiento.
Aparte de la visita previa, la secretaría ejecuta cada año un plan de visitas de verificación (art. 17). Si en la visita de certificación cumples, autoriza el certificado en máximo 20 días hábiles desde su cierre (art. 15). El Decreto 780 exige al menos una visita a cada prestador en los 4 años de vigencia (art. 2.5.1.3.2.15).
Prestar sin habilitación: lo que arriesgas
La inspección, vigilancia y control de la habilitación la hacen las secretarías de salud, con las visitas; la Superintendencia Nacional de Salud vigila que la hagan (Decreto 780, art. 2.5.1.7.1). Las sanciones las impone la entidad territorial según la Ley 9 de 1979 (art. 2.5.1.7.6).
Medidas de seguridad
De ejecución inmediata, preventivas y transitorias (Ley 9 de 1979, art. 576). En una visita, si hay peligro para la salud, proceden la clausura temporal del establecimiento y la suspensión de servicios (Res. 3100, art. 15).
Sanciones
Según la gravedad: amonestación; multas sucesivas hasta por 10.000 salarios mínimos legales mensuales vigentes; decomiso de productos; suspensión o cancelación del registro o de la licencia; y cierre temporal o definitivo del establecimiento o servicio (Ley 9 de 1979, art. 577, modificado por el Decreto 2106 de 2019).
- Un servicio permanente sin declarar en el REPS da lugar a esas sanciones (Decreto 780, art. 2.5.1.3.2.7).
- No se aceptan planes de cumplimiento (art. 2.5.1.3.2.16).
- La inscripción puede revocarse si se comprueba el incumplimiento, previo debido proceso (Res. 3100, art. 10).
- Quien te contrata debe verificar que estés inscrito y dejar de contratar contigo si pierdes la habilitación (Decreto 780, art. 2.5.1.3.2.20).
La sanción no exime de la responsabilidad civil o penal (Ley 9 de 1979, art. 580). Si un paciente reclama, lo vemos en responsabilidad médica.
Qué hacemos por tu IPS
- Constituimos la sociedad que exige la capacidad técnico-administrativa: crear empresa en Colombia.
- Revisamos la autoevaluación, el formulario y los soportes antes de radicar.
- Preparamos las visitas previa, de certificación y de reactivación, y respondemos el acta.
- Defendemos a la IPS frente a medidas de seguridad, revocatorias y procesos sancionatorios.
- Reportamos las novedades de la sociedad, como el cambio de representante legal, junto con la representación legal de la empresa.
- Revisamos la habilitación cuando compras o vendes una IPS. Si cambia el NIT, la nueva entidad debe cerrar el prestador anterior, inscribirse de nuevo y habilitar los servicios (Res. 3100, art. 7, par. 1).
Hace parte de nuestro trabajo en competencia, consumo y regulación.
La renovación no se te pasa
- Cada vencimiento llega con aviso a 60, 30 y 7 días: la autoevaluación del cuarto año y cada renovación anual.
- Los contratos que preparamos contigo se leen y se firman en línea.
- Cada radicación y acta queda en tu expediente con fecha y hora.
Preguntas frecuentes
¿La Resolución 1732 de 2026 reemplazó a la Resolución 3100 de 2019?
No. La 1732 se expidió el 5 de agosto de 2026, pero no se publicó en el Diario Oficial y por eso nunca tuvo fuerza obligatoria. La Resolución 2080 del 8 de septiembre de 2026 la revocó en su integridad. Sigue aplicándose la Resolución 3100 de 2019 con sus modificaciones, la más reciente la Resolución 465 de 2025.
¿Cuánto dura la inscripción de una IPS en el REPS?
La inscripción inicial dura cuatro años desde que la secretaría de salud la registra. Para renovarla, declaras la autoevaluación en el REPS durante el cuarto año; la renovación dura un año, igual que las siguientes. Sin autoevaluación a tiempo, la inscripción se inactiva (Resolución 3100 de 2019, arts. 10 y 11).
¿Quién inscribe a la IPS y quién hace las visitas de verificación?
La secretaría de salud departamental o distrital donde funciona la sede. Esa misma secretaría formula cada año el plan de visitas y hace las visitas previas, de certificación y de reactivación. La Superintendencia Nacional de Salud vigila que lo haga (Decreto 780 de 2016, art. 2.5.1.7.1).
¿Qué pasa si presto un servicio de salud sin habilitarlo?
La secretaría de salud puede clausurar temporalmente el establecimiento o suspender el servicio, y abrir un proceso sancionatorio. Las sanciones de la Ley 9 de 1979 (art. 577) van de la amonestación a multas sucesivas de hasta 10.000 salarios mínimos legales mensuales vigentes, la cancelación de la licencia y el cierre del servicio.
¿Una IPS nueva puede atender pacientes antes de la visita previa?
No. Inscribir una IPS nueva exige visita previa de la secretaría de salud, dentro de los seis meses que fija la Resolución 3100 (art. 14). Desde cuándo puedes prestar: el Decreto 780 (art. 2.5.1.3.2.7) dice que el prestador se considera habilitado desde que radica la inscripción; la Resolución 3100 (art. 8.5), que es el procedimiento que siguen las secretarías, lo fija cuando la secretaría registra la inscripción, expide la constancia de habilitación y autoriza el distintivo. Lo prudente es no ofertar ni prestar hasta tener la constancia. Si la visita encuentra incumplimientos, el trámite empieza de nuevo.
¿Tienes una inscripción, una visita o una renovación en curso?
En una reunión con un abogado vemos en qué paso estás, qué plazo corre y qué falta. Es una consulta con honorarios.
Lexy está entre los principales despachos del país en regulación de prestadores de salud. Somos una firma de abogados con base tecnológica que controla los plazos de la habilitación con alta técnica jurídica. Bajo Lexy Emprende Legal y Exitoso acompañamos a quien abre una IPS desde la constitución hasta la primera renovación; con Lexy Capital, nuestra unidad de corretaje de empresas, la habilitación entra en la revisión cuando una IPS se compra o se vende. Es un equipo con reconocimiento regional por sus grandes profesionales y operaciones exitosas.
